Sortengenetische Methoden

Um eine Sorte zu beschreiben, ist es notwendig, dass neben den phänotypischen Merkmalen auch genetische Informationen vorliegen, d.h. ein genetischer Fingerabdruck. Der Vorteil eines genetischen Fingerabdrucks besteht darin, dass eine Sorte eindeutig definiert werden kann und Sorten mit einer Referenzdatenbank verglichen werden können. Sofern eine Sorte phänotypisch und genetisch beschrieben ist, erfordert eine weitere Sortenbestimmung einer Pflanze kein fundiertes Expertenwissen mehr, sondern der genetische Fingerabdruck wird mit der Referenzdatenbank verglichen. Darüber hinaus kann die Analyse unabhängig von der Jahreszeit und dem Wachstum der Pflanze (Fruchtphase) durchgeführt werden, da kleinste Mengen aller Pflanzenteile (außer Samen und Blüten) für eine genetische Analyse ausreichen.
In der Schweiz hat das BLW (Bundesamt für Landwirtschaft) Referenzdatenbanken für verschiedene Obstsorten (Apfel, Birne, Kirsche, Pflaume, Quitte) eingerichtet und/oder ist dabei, diese aufzubauen. Um die Kompatibilität neuer analysierter Daten mit den Datenbanken zu gewährleisten, muss für jede Analyse die gleiche Methode (Mikrosatelliten-Markersätze) verwendet werden. Ecogenics hat den genetischen Fingerabdruck zur Sortenidentifikation mit dem BLW-Ansatz abgestimmt und kann so die notwendige Beständigkeit der genetischen Datenanalyse sicherstellen.

Übersicht

Für die Identifizierung von Sorten sind zwei Szenarien denkbar. Zwei Proben können verglichen werden, während eine der Proben aufgrund früherer genetischer und/oder phänotypischer Beschreibungen als Referenzsorte angesehen wird. Oder der unbekannte genetische Fingerabdruck einer Sorte wird mit einer Referenzdatenbank verglichen.

SSR Development, Microsatellite Marker Development

Methoden

Genotypisierung & Datenbankabgleich

Mit dieser Methode können Sie uns eine Probe Ihrer Fruchtsorte schicken, sie genetisch analysieren und eine Datenbankrecherche durchführen lassen. Dabei wird die am besten passende Sorte in der Datenbank identifiziert.
Wir bieten zweimal im Jahr (15. Juni und 15. September) einen Termin an, bis zu welchem Ihre Probe bei der ecogenics ankommen muss. Bitte beachten Sie, dass wir für diese Analysenrunden nur Blattmaterial akzeptieren. Für detaillierte Informationen zur Probenahme und zum Versand kontaktieren Sie uns bitte.
Sie können zum Aufbau der Datenbank beitragen. Der Datenbankvergleich ist derzeit für Apfel, Birne und Kirsche verfügbar. Die Datenbanken sind teilweise sehr umfangreich und umfassen mehrere hundert Sorten. Jedoch kann es vorkommen, dass ein genetischer Fingerabdruck einer Sorte noch nicht in der Datenbank vorhanden ist. In diesem Fall entscheidet das BLW, ob dieser neue Fingerabdruck Ihrer Sorte in die Datenbank aufgenommen werden kann.
Wenn Sie eine Analyse außerhalb des vorgegebenen Zeitrahmens durchführen oder uns anderes Ausgangsmaterial zusenden möchten, zögern Sie nicht, uns zu kontaktieren und wir unterbreiten Ihnen gerne ein projektbezogenes Angebot.

Genotypisierung & Einzelvergleiche

Diese Methode eignet sich für die Überprüfung der Sortenechtheit. Insbesondere im Schnittgartenbau ist die molekulargenetische Sortenauthentifizierung sehr effizient und ersetzt die phänotypische Charakterisierung in Zertifizierungen.
Um die Sorte Ihrer Probe zu bestimmen, ist eine zweite Probe erforderlich, die als Referenzmaterial mit bekannter Sortenherkunft dient. Wir bitten Sie, das Referenzmaterial vor der Einreichung Ihrer Proben zu organisieren.
Wir bieten zweimal im Jahr (15. Juni und 15. September) einen Termin an, bis zu welchem Ihre Probe bei der ecogenics ankommen muss. Bitte beachten Sie, dass wir für diese Analysenrunden nur Blattmaterial akzeptieren. Für detaillierte Informationen zur Probenahme und zum Versand der Proben kontaktieren Sie uns bitte.
Wenn Sie eine Analyse außerhalb des vorgegebenen Zeitrahmens durchführen möchten oder uns anderes Ausgangsmaterial und Sorten, die nicht in unseren verfügbaren Markersystemen aufgeführt sind, zusenden möchten, dann zögern Sie nicht, uns zu kontaktieren und wir unterbreiten Ihnen gerne ein projektbezogenes Angebot.

Bioinformatik-Datenbankabgleich

Datensätze mit genetischen Fingerabdrücken sind oft sehr groß und die Suche nach ähnlichen oder identischen Fingerabdrücken ist fehleranfällig und sehr zeitaufwändig. Mit unserer validierten hauseigenen Bioinformatik-Pipeline vergleichen wir für Sie die Datensätze mit den genetischen Fingerabdrücken.

Marker Systeme

Verfügbare Marker Systeme für:

Apfel
Birne
Süß- und Sauerkirsche
Pflaumen
Quitten
Aprikose
Pfirsich/Nektarine
Trauben
Nüsse

Wenn Sie noch kein passendes Markersystem für Ihre Sorte gefunden haben, zögern Sie nicht, uns zu kontaktieren. Markersysteme wurden bereits für viele Sorten entwickelt und Details finden sich oft in der Literatur. Darüber hinaus ist ecogenics auf die Entwicklung von Markersystemen spezialisiert und wir würden uns freuen, mit Ihnen an Ihrem Projekt zu arbeiten. Nehmen Sie Kontakt mit uns auf, um zu sehen, wie wir Ihre Forschung bereichern können.