Frequently Asked Questions

Rohdaten und Ihre Proben sowie projektspezifische Chemikalien wie PCR oder Sequenzierprimer lagern wir nach Abschluss des Projekts für 6 Monate. Anschließend werden Rohdaten gelöscht und Proben und Chemikalien ordnungsgemäß entsorgt. Auf Wunsch senden wir Ihnen die Proben/Chemikalien gerne an Ihr Labor. Bitte beachten Sie, dass wir für den Versand eine zusätzliche Gebühr erheben.

Um die DNA-Qualität zu testen, lassen Sie bitte etwa 100 ng Ihrer extrahierten DNA auf einem 1,5% Agarosegel laufen. Nicht degradierte DNA läuft als ein ausgeprägtes homogenes Band mit hohem Molekulargewicht. Achten Sie darauf, dass Ihre DNA nicht degradiert ist und frei von RNA ist (keine niedermolekularen Abstriche sichtbar). Während viele Labore Absorptionsmessungen bei 260 nm für die DNA-Quantifizierung verwenden, gibt es gravierende Einschränkungen für diese Technik. Verunreinigungen durch Proteine, Kohlenhydrate, ssDNA, RNA und freie Nukleotide tragen wesentlich zum Messwert bei und machen die Ergebnisse oft zu einem " Best guess ". Wir empfehlen daher, die DNA mit Fluoreszenzfarbstoffen wie Hoechst 33256, PicoGreen oder ähnlichen Verbindungen zu quantifizieren. Ecogenics wird jedoch immer die DNA-Qualität und Quantität Ihrer Proben vor Beginn der Entwicklung überprüfen.

Typischerweise dauert es 8 bis 10 Wochen vom Tag des Eingangs der DNA bis zum Test auf Polymorphie. Bei Bedarf können wir die Projektabwicklung noch schneller realisieren.

Aufgrund der enormen Sequenzierungskraft der von uns eingesetzten Next-Generation-Sequenzierungstechnologie können wir mehrere Arten parallel analysieren und damit deutlich niedrigere Preise für die gleichzeitige Entwicklung von Mikrosatellitenmarkern für mehrere Arten erzielen! Bitte kontaktieren Sie uns für ein entsprechendes Angebot.

Für unsere garantierten polymorphen Marker garantieren wir mindestens 4 Allele bei 15 nicht verwandten Individuen. Wenn die entwickelten Loci weniger polymorph sind, werden wir stattdessen mehr Loci liefern, um die garantierte Gesamtzahl der Allele zu erreichen.

Die ecogenics kann keine spezifischen Garantien für Null-Allele geben, da ihr Auftreten von den genetischen Eigenschaften der Art und nicht von unseren Entwicklungsmöglichkeiten abhängt. Wir testen unsere Marker routinemäßig an 15 Individuen und schließen in der Regel Marker aus, die nicht bei allen 15 Individuen amplifizieren. Wenn die Art jedoch anfällig für Null-Allele ist und viele der getesteten Marker betroffen sind, können wir diese Strategie nicht beibehalten und müssen auch Marker liefern, die nicht bei allen Individuen amplifizieren.

Pro Spezies benötigen wir idealerweise 50 µl saubere, nicht degradierte genomische DNA mit einer Konzentration von>20 ng/µl (= 1 µg). gDNA kann in Schraubdeckelröhrchen mit AE, 10 mM Tris-HCL-Puffer (pH 7,5 - 8,5) oder Wasser geschickt werden.

Um die Polymorphie der Marker zu testen, benötigen wir DNA von 15 nicht verwandten Individuen. Bitte stellen Sie 1 µg DNA von jedem Individuum in separaten Röhrchen zur Verfügung. Es liegt in Ihrer Verantwortung, sicherzustellen, dass die 15 untersuchten Individuen die Spezies genetisch repräsentieren.

Gerne können Sie uns Gewebeproben (Hautbiopsie aus Gewebestanzen, Blut, Haare, Kot, Knochen, Federn, Tupfer usw.) von Ihrem entsprechenden Organismus zusenden. Bitte kontaktieren Sie uns, um geeignete Maßnahmen zur Vermeidung von DNA-Abbau zu besprechen. Beachten Sie, dass die zur Sequenzierung verwendete DNA frei von Verunreinigungen der DNA durch andere Organismen sein muss. Proben wie Fäkalien oder Tupfer sind anfällig für eine Kontamination mit Fremd-DNA, so dass Sie Gefahr laufen, Marker für die kontaminierenden Organismen zu entwickeln. Die für Polymorphie-Tests verwendeten DNA-Proben sind jedoch weniger kritisch gegenüber der Kontamination mit Fremd-DNA. Diese Art von Proben muss frei von Verunreinigungen mit DNA von einem anderen Individuum derselben Art sein.

Ja, ecogenics bietet DNA-Isolation für alle Arten von Organismen an. Wir haben große Erfahrung in der Isolation von DNA auch aus sehr schwierigem Ausgangsmaterial, wie z.B. bestimmten Pflanzen- und Pilzarten, Schnecken, Federn, Haaren, Horn, Kot etc. Im Rahmen von Mikrosatelliten-Entwicklungsprojekten bieten wir kostenlose DNA-Isolationen an.

Die Read&Go Broschüre ist eine gute Quelle für alle Informationen, die Sie benötigen, um Ihre neu entwickelten Marker zu verwenden und zu veröffentlichen. Es enthält ein Primer-Zertifikat für jeden Locus mit allen relevanten Informationen, einschließlich der Sequenz der mikrosatellitenhaltigen Region und Elektropherogrammen, die die Allele von 15 nicht verwandten Individuen und die verwendeten PCR-Bedingungen darstellen. Falls bestellt, enthält sie außerdem die Informationen für die Multiplex-PCR. Darüber hinaus enthält sie alle Details, die für die Veröffentlichung der Marker erforderlich sind. Die Read&Go-Broschüre gibt Ihnen auch viele nützliche Tipps, wie Sie das Beste aus Ihren Markern herausholen können, wie z.B. spezifische Vorschläge, wie Sie selbst an ein Multiplex-PCR-Design herangehen können.

Sie erhalten alle generierten Sequenzierungsdaten (Fastq-, Fasta- und Qual-Dateien) aus Ihrem Projekt sowie separate Textdateien aller Sequenzen mit Mikrosatellitenmotiven.

Ja, im Lieferumfang enthalten sind die 100 µM Stammlösungen der Primer. Ebenfalls enthalten ist ein Primer-Zertifikat für jeden Locus mit allen relevanten Informationen. Letztere Informationen sind in Ihrer Read&Go Broschüre zusammengefasst.

Ja, die vollen Rechte an den gelieferten Markern, Sequenzen und Primern liegen bei Ihnen. ecogenics wird ohne Ihre Zustimmung keine Informationen an Dritte weitergeben. Darüber hinaus liegt es an Ihnen zu entscheiden, ob Sie der ecogenics eine Co-Autorenschaft auf einer Primer-Note oder Publikation anbieten möchten oder nicht.

Ihre Zufriedenheit ist unser Ziel! Bei Fragen zur Verwendung oder Anwendung der gelieferten Marker unterstützen und beraten wir Sie gerne. Auch bei Fragen zur Dateninterpretation und -analyse stehen wir Ihnen gerne zur Verfügung.

Es wird einfach sein! Die PCR-Bedingungen für unsere Marker sind sehr robust. Um Multiplex-PCR zu ermöglichen, verwenden wir nach Möglichkeit ein Standard-PCR-Protokoll zur Amplifikation aller Mikrosatelliten. In einigen Fällen müssen wir jedoch das Thermocycling-Programm anpassen, um eine korrekte Amplifikation zu gewährleisten. Natürlich erhalten Sie alle diese Informationen in Ihrer Read&Go-Broschüre.

Ja, wir führen eine gründliche Eingangsqualitätskontrolle Ihrer Proben durch. Bitte stellen Sie dennoch sicher, dass Sie vor dem Versand der Proben eine eigene Qualitätskontrolle durchführen, um Verzögerungen bei der Verarbeitung zu vermeiden.

Um es einfach auszudrücken:

• Sequenziertiefe bedeutet Sensitivität
• Leselänge bedeutet Spezifität
• Replikate bedeuten Vertrauen (Confidence)