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Entwicklung von SSRs
Die Kombination aus Next-Generation-Sequencing und einer validierten, hauseigenen Bioinformatik-Pipeline um vielversprechende Markerkandidaten zu filtern, ermöglicht eine unkomplizierte und schnelle Mikrosatelliten-Marker-Entwicklung (Simple Sequence Repeats, SSR). Der Ansatz ist für jede Spezies anwendbar und ermöglicht die Identifizierung von SSR-Markern innerhalb von 2 Monaten. ecogenics liefert Ihnen gut charakterisierte Marker und alle benötigten Informationen, um die Marker in einer Primer-Note oder in einer Datenbank zu veröffentlichen.
Workflow
Ein typischer Workflow für die Entwicklung von SSRs ist in der folgenden Abbildung dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unser modularer Entwicklungsprozess verschiedene Ein- und Ausstiegsoptionen ermöglicht. Ob Sie die gesamte Entwicklung von SSRs oder nur Teile davon auslagern möchten, liegt ganz bei Ihnen.
Produkte
SSR-angereicherte Sequenzierungsdaten
Der einfachste Weg, um von unserer Markerentwicklungspipeline zu profitieren!
Für die Next-Generation-Sequencing Library benötigen wir nur 1 µg genomische DNA. Nach der Sequenzierung analysieren wir den Output mit unserer hauseigenen Bioinformatik-Pipeline und liefern Ihnen die besten 300 in silico validierten Mikrosatellitenkandidaten. Direkt anschliessend können Sie die entsprechenden Primer bestellen und die Loci in einer Reihe von Individuen Ihrer Spezies auf Polymorphismen testen.
Polymorphie-getestete Marker
Der kostengünstigste Weg, um Ihre Marker zu erhalten!
Lassen Sie uns die umständliche Arbeit der Prüfung der SSR-Loci auf Polymorphismen durchführen. Wir untersuchen 48 SSR-Loci auf 7 nicht-verwandte Individuen Ihrer Spezies. Das Ergebnis des Screenings beinhaltet die Überprüfung der Funktionalität der PCR-Primer und die Anzahl der Allele, die bei den 7 Individuen gefunden wurden. Neben einer detaillierten Assaybeschreibung erhalten Sie die 100 µM Primerlösungen der getesteten Loci, wobei die Vorwärtsprimer mit einem FAM-Tag gelabelt sind.
Garantierte Polymorphe Marker
Der effizienteste Weg, um Ihre Laborarbeit zu beschleunigen!
Garantiert polymorphe Marker, unser Hauptprodukt, sind gebrauchsfertige Marker, die mindestens 4 Allele in 15 Proben von nicht-verwandten Individuen Ihrer Spezies, aufweisen.
Kunden, die sich für diese Option entschieden haben, schätzten die kurze Dauer von 6 bis 10 Wochen vom Zeitpunkt der Bestellung bis zur Lieferung.
Die erfolgreichsten Studien in der Populationsgenetik umfassen 12 bis 20 Mikrosatellitenmarker moderater Polymorphie. ecogenics entwickelte die erforderlichen Marker bereits für zahlreiche Spezies. Redakteure aller relevanten Fachzeitschriften kennen ecogenics und schätzen unsere Arbeit. Neben einer detaillierten Assaybeschreibung erhalten Sie die 100 µM Primerlösungen der getesteten Loci, wobei die Vorwärtsprimer mit einem FAM-Tag gelabelt sind.
Die erfolgreichsten Studien in der Populationsgenetik umfassen 12 bis 20 Mikrosatellitenmarker moderater Polymorphie. ecogenics entwickelte die erforderlichen Marker bereits für zahlreiche Spezies. Redakteure aller relevanten Fachzeitschriften kennen ecogenics und schätzen unsere Arbeit. Neben einer detaillierten Assaybeschreibung erhalten Sie die 100 µM Primerlösungen der getesteten Loci, wobei die Vorwärtsprimer mit einem FAM-Tag gelabelt sind.
Falls Sie planen, eine größere Anzahl von Proben mit den neu entwickelten Markern zu genotypisieren, kann es für Sie kostengünstiger sein, die Marker zu multiplexen. In diesem Zusammenhang möchten wir Sie gerne auf unseren SSR Multiplexing Service aufmerksam machen.
Resultate
Je nach Projekt werden die folgenden Ergebnisse geliefert:
SSR-angereicherte Sequenzierungsdaten
- die Rohdaten für das Projekt (Fastq-, Fasta- und Qual-Dateien)
- SSR-angereicherte Sequenzierungsdaten (300 beste Loci)
Abbildung 1: Tabelle mit den 300 besten in silico-validierten Mikrosatelliten-Kandidaten inkl. Motiv und Länge des SSR-Markers, einem möglichen Primer-Design sowie dem Read aus der Next-Generation-Sequenzierung.
Polymorphie-getestete Marker
- eine Zusammenfassung des Markerentwicklungsprojekts
- die Rohdaten für das Projekt (Fastq-, Fasta- und Qual-Dateien)
- SSR-angereicherte Sequenzierungsdaten (300 besten Loci)
- Ergebnisse des Polymorphie-Screenings inkl. Primer für 48 Loci
- Stammlösungen der gelabelten und ungelabelten Primer (100 µM)
Abbildung 2: Beispiel für 3 SSR-Marker Elektropherogramme, die an 7 Individuen getestet wurden, die aus einem Polymorphismus-Screening resultieren. Basierend auf dem Ergebnis des Polymorphismus-Screenings können Sie die Kandidatenloci für ihr Projekt auswählen.
Garantierte Polymorphe Marker
- Read&Go-Broschüre mit detaillierten Informationen zu den bestellten SSR-Markern, den entsprechenden PCR-Protokollen und einem Bild des Elektropherogramms für alle entwickelten garantierten polymorphen Marker.
- die Rohdaten für das Projekt (Fastq-, Fasta- und Qual-Dateien)
- SSR-angereicherte Sequenzierungsdaten (300 besten Loci)
- Stammlösungen der gelabelten und ungelabelten Primer (100 µM)
Abbildung 3: Beispiel für ein Primer-Zertifikat eines garantierten polymorphen Markers. Neben den Elektropherogrammen erhält der Kunde auch eine Read & Go Broschüre mit dem verwendeten PCR-Protokoll.